투표용지 부족 사태 이후 시민들과 야당의 재선거 요구가 커지자 중앙선거관리위원회는 6월 4일 새벽 과천 청사에서 의원회의를 열고 공식 입장을 밝혔다. 선관위는 “공직선거법에 따른 선거의 연기나 재선거 사유에 해당하지 않는다”며 현재 진행되는 개표를 중단할 수 없다고 밝혔다. 개표가 종료되면 즉시 진상 규명과 재발 방지 대책을 마련하겠다고 덧붙였다.
이 입장은 투표용지 부족이 법정 재선거 사유에 해당하는지를 둘러싼 논쟁의 기준점이 됐다. 선관위는 자체 진상규명위원회 설치 방침을 밝혔고, 재선거 요구와 책임 추궁은 이후의 수사·정치권 논의로 이어졌다.