세계보건기구(WHO)는 국제 보건 협력을 담당하는 유엔 전문기구다. 대북지원에서는 예방접종, 질병 진단과 관리, 보건의료 장비·물자 공급 같은 민간인 대상 사업을 국제 제재 면제 절차와 연계해 추진한다.