2026년 6월 10일, 국방부는 국군방첩사령부를 해체하고 방첩·보안·안보수사 기능을 분산하는 확정안을 발표했다. 방첩·방산 관련 정보활동과 방산·사이버보안은 국방방첩본부가, 군단급 이상 중앙보안감사와 보안사고 조사는 국방보안지원단이 맡도록 했다. 안보수사 기능과 계엄 때 합동수사권은 국방부조사본부로 이관한다.
동향조사·인사첩보·세평수집과 정보기관 고유 업무가 아닌 불법·비리 정보수집 등 권력형 기능은 제도적으로 폐지한다. 국방부는 신설 기관의 외부 고위 감사공무원 임명, 장관 직속 준법감찰위원회, 국회 보고, 가칭 군 방첩부대원의 직무수행법 제정 등을 통해 감찰과 민주적 통제를 강화하겠다고 밝혔다.