2025년 8월 13일, 국정기획위원회는 이재명 정부의 국정 운영 청사진을 공개하며 국군방첩사령부를 폐지하고 필수 기능을 분산 이관하겠다고 밝혔다. 앞서 국방부가 방첩·수사·보안 등 방첩사의 3대 기능을 재검토할 필요가 있다고 보고한 뒤, 존치·기능 조정·폐지를 검토해 폐지 방향으로 결론을 낸 것이다.
당시에는 방첩 기능의 존속 여부와 이관 기관, 새 조직의 법적 근거가 확정되지 않았다. 연합뉴스는 수사는 국방부조사본부로, 보안은 국방정보본부로 옮기고 방첩 기능은 별도 조직에 남기는 방안을 전망했다. 이후 민관군 합동 특별자문위가 세부 설계를 권고하면서 방침이 구체화됐다.