2024년 12월 3일 윤석열 당시 대통령의 비상계엄 선포 직후, 국군방첩사령부 소속 병력이 국회와 중앙선거관리위원회로 출동했다. 이후 재판 증언과 수사 보도를 통해 방첩사 수사관들이 정치인 체포조로 운영됐고, 선관위 서버 확보·반출과 관련한 임무가 부여됐다는 정황이 알려졌다.
이 활동은 방첩사가 국가안보를 위한 방첩기관의 범위를 넘어 정치적 목적의 정보·수사 활동에 관여했다는 논란으로 이어졌다. 12·3 계엄 관여는 뒤이어 나온 방첩사 폐지와 기능 분산 논의의 핵심 배경이 됐다.